DE-Rigor-Agent给差异表达分析加一道方法筛选:先查假设再跑代码,误用方法带来的FDR膨胀被挡在门外
批量RNA-seq差异表达分析里,通用大模型智能体往往直接挑DESeq2或edgeR,不检查这些方法的统计假设是否适合手头数据。DE-Rigor-Agent把分析拆成输入标准化、方法筛选、方法执行三段,在执行前用专家整理的方法卡和数据诊断逐条评估六种常用方法并记录保留或排除的理由。在140个模拟数据集上,它的筛选决定与模拟中人为引入的不兼容情形基本吻合,并在不同随机种子间保持稳定;两个Codex基线几乎对所有数据都选DESeq2或edgeR。