RNA同源搜索不再只比序列：RNAflash两阶段流程在RNAcentral上比Infernal快逾百倍
RNA同源搜索长期在灵敏度与速度之间取舍：序列方法快却漏掉低相似度同源序列，协方差模型灵敏但代价高。RNAflash把搜索拆成两步，先用对比学习训练的RNA语言模型编码器从预编码数据库中检索候选，再用结合预测二级结构的交叉编码器重排并比对。在留出的Rfam家族上，其检索召回高于序列方法；在RNAcentral上构建的多重比对耦合与共变信号强于序列方法和Infernal，搜索与比对耗时比非迭代Riboseek快3.7倍、比Infernal和RNAcmap快逾100倍。