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  1. arXiv

    BindMol把结合口袋拆成热点:五个靶点上新颖命中率高于GEAM,并更常复现I/II型结合模式

    靶向药物设计的生成模型长期把蛋白—配体相互作用压成一个对接分数,掩盖了同一靶点上不同结合模式的功能差异。BindMol按参考复合物结构把结合口袋聚类成若干热点,每个热点对应一个奖励维度,再用偏好条件化的多目标强化学习同时优化这些冲突目标。在parp1、fa7、5ht1b、braf、jak2五个靶点上,其新颖命中率分别为42.617、24.580、42.149、30.767、44.864,高于GEAM的40.635、17.903、36.667、27.887、42.025,并在braf与jak2上更频繁复现晶体结构对应的I型与II型结合模式。

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