# 谱位置编码

单细胞扰动预测的Transformer需要给基因一个位置，但基因没有天然顺序，静态共表达掩码又无法反映扰动引起的调控重连。SPEAR把每个基因的位置改为共表达图拉普拉斯给出的连续坐标，并在每一层由扰动条件下的隐状态重新推导标量位置，两者相加成一个旋转角。在遗传、药物和细胞因子扰动基准上，SPEAR在差异表达方向与幅度等指标上优于包括scDFM在内的基线，并在留出组合上取得最大差距。

单细胞扰动预测的Transformer需要给基因一个位置，但基因没有天然顺序，静态共表达掩码又无法反映扰动引起的调控重连。SPEAR把每个基因的位置改为共表达图拉普拉斯给出的连续坐标，并在每一层由扰动条件下的隐状态重新推导标量位置，两者相加成一个旋转角。在遗传、药物和细胞因子扰动基准上，SPEAR在差异表达方向与幅度等指标上优于包括scDFM在内的基线，并在留出组合上取得最大差距。