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# 单细胞分析

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  1. Cell Discovery

    单细胞表观组建库从一周缩到一天:液滴配纳米孔长读长,一次约5000个细胞

    单细胞表观组测序把条形码环节从孔板搬进液滴。此前基于纳米孔长读长的单细胞ATAC与CUT&Tag只能逐孔操作,约5000个细胞的建库至少需要一周,成本也限制了规模化。新方法让转座或抗体引导转座后的细胞核与条形码磁珠在商用微流控芯片中共同成滴,再用纳米孔测序,一次实验处理约5000个细胞,建库时间缩到一天,含测序的单细胞成本约从$1.98降到$0.39。在GM12878上,10000个细胞核的输入产出66 Gb数据,82.8%的读段归入有效细胞条形码。

  2. medRxiv

    血涂片不再只数200个细胞:神经细胞自动机扫完整张切片,跨中心检测F1达0.79

    血涂片与骨髓涂片的自动分析此前被限制在人工圈定的感兴趣区域内,因为千兆像素全片扫描的计算量太大。HemAutomaton 用神经细胞自动机在整张切片上定位白细胞,无需人工选区,在域内检测精度与 Faster R-CNN 相当,跨域平均 F1 为 0.79,高于 Faster R-CNN 的 0.65,可训练参数为 3.3k 对 41.4M。在三个血液肿瘤队列上共提取 1.08 亿张单细胞图像,并用预训练血液学基础模型的少样本分类完成自动分类计数。

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