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# 样本特异性n-gram模型

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  1. bioRxiv

    组装图分叉不再只靠拓扑猜:样本自身序列统计给候选延伸打分,读段证据可独立核对

    从头组装里,unitig图的分叉点此前只能靠拓扑、配对读段或覆盖度等启发式来选路,序列本身是否支持某条延伸很少被直接评估。RASTRO把每个候选延伸按样本自身的n-gram统计或Evo2语言模型算成每碱基惊讶度(bits-per-base),分数越低越优先,并用跨越分叉接合处的边界k-mer在原始读段中的出现次数作为独立参照。在HIV-1与SARS-CoV-2的unitig图上,样本自适应的RASTRO-S与读段支持选择的一致率随上下文长度从n=5升到n=10而提高,高于随机选择与最长延伸贪心基线;摘要与结果表在HIV-1的n=10数值上并不一致。

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