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# 字母表锚定现象

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  1. arXiv

    把氨基酸字母整体改名,ESM-2接触图几乎全丢:蛋白语言模型靠的是字母身份而非协变统计

    对氨基酸字母做一次全局一一对应的重命名,比对层面的统计量、列熵和成对编辑距离都不变,但ESM-2、MSA Transformer和AMPLIFY的接触图会大幅崩塌,而逆协方差Potts模型逐位不变。在9个蛋白、3个种子上,ESM-2 650M随机重命名20种残基后与自身原接触集的重叠只剩0.015,限制在BLOSUM62同类组内的重命名则保留0.655。这说明这些模型的接触预测依赖规范残基身份,不能当作它们已内化协变统计的证据。

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