# BacLLM蛋白质表示模型

BacLLM把UniProt注释经大模型编码成的语义表示，通过跨模态对比学习灌入ESM-2序列编码器，使推理时只读氨基酸序列。在六个耐药预测基准上，BacLLM（4B）在逻辑回归与RBF核支持向量机两种分类器下的平均F1均高于Ankh、ESM-2、ProteinBERT和ProTrek；在SHV-1 β-内酰胺酶P0AD64上，它从排名前65的位点中找回8个实验支持的减耐药位点中的6个，ESM-2一个也未找回。训练后文本分支被移除，因此这些收益来自序列输入，而非注释输入。

BacLLM把UniProt注释经大模型编码成的语义表示，通过跨模态对比学习灌入ESM-2序列编码器，使推理时只读氨基酸序列。在六个耐药预测基准上，BacLLM（4B）在逻辑回归与RBF核支持向量机两种分类器下的平均F1均高于Ankh、ESM-2、ProteinBERT和ProTrek；在SHV-1 β-内酰胺酶P0AD64上，它从排名前65的位点中找回8个实验支持的减耐药位点中的6个，ESM-2一个也未找回。训练后文本分支被移除，因此这些收益来自序列输入，而非注释输入。