OpenLipid:面向脂质组学DIA质谱数据靶向分析的大语言模型工作流
该研究提出OpenLipid,一个基于大语言模型(LLM)的靶向DIA脂质组学工作流:它用DDA结果构建assay库,在零样本设置下直接评估DIA数据的提取离子色谱图(XIC)以挑选目标脂质峰并给出可读的判定理由,在4个人血浆与小鼠粪便正负离子模式数据集上,5% FDR下识别率与DIAMetAlyzer总体相当(血浆55.3%/19.0%、粪便71.8%/31.8%),明显高于非靶向MS-DIAL DIA(12.6%/0.0%、47.5%/0.0%),且LLM给出的色谱特征可训练分类器区分正确与错误候选峰组(交叉验证平均精度中位数0.838-0.912)。