膜蛋白扩散不必只靠分子动力学:神经随机模型把轨迹拉长到4万帧,仍守住近布朗扩散
粗粒化分子动力学能给出膜蛋白的短时轨迹,但长时扩散统计代价高昂。神经随机模型把蛋白构型编码、多时间尺度循环记忆与带记忆的随机隐过程结合起来,自回归地生成相关位移。在7个PIEZO通道体系中,它给出的平均异常扩散指数为1.048±0.012,与MD的1.049±0.022接近,而此前的VAR-SDE模型为1.563±0.016;生成轨迹延伸到4万帧。
粗粒化分子动力学能给出膜蛋白的短时轨迹,但长时扩散统计代价高昂。神经随机模型把蛋白构型编码、多时间尺度循环记忆与带记忆的随机隐过程结合起来,自回归地生成相关位移。在7个PIEZO通道体系中,它给出的平均异常扩散指数为1.048±0.012,与MD的1.049±0.022接近,而此前的VAR-SDE模型为1.563±0.016;生成轨迹延伸到4万帧。
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