Harvey Shawn Chua

长读测序的DNA常带移码错误，直接比对到蛋白质家族谱模型一直要么先翻译六个读框、要么先纠错，两者都会损失灵敏度。DUMMEST沿用DUMMER不带长度偏置的比对思路，只在匹配、插入、删除状态上增加发射核苷酸的插入缺失状态，用核苷酸与密码子的组合近似移码，并以GPU加速的MMseqs2做多级预过滤。在模拟长读上它检出的比对更多、平均比对更长，与BATH灵敏度相当、在模拟测序伪影下特异性更好，依数据集快2–12倍。

长读测序的DNA常带移码错误，直接比对到蛋白质家族谱模型一直要么先翻译六个读框、要么先纠错，两者都会损失灵敏度。DUMMEST沿用DUMMER不带长度偏置的比对思路，只在匹配、插入、删除状态上增加发射核苷酸的插入缺失状态，用核苷酸与密码子的组合近似移码，并以GPU加速的MMseqs2做多级预过滤。在模拟长读上它检出的比对更多、平均比对更长，与BATH灵敏度相当、在模拟测序伪影下特异性更好，依数据集快2–12倍。