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Lu Fan

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  1. bioRxiv

    噬菌体配对不再只靠一种嵌入:按查询菌株的新颖度路由模型,双新场景AUPRC从0.036升到0.671

    噬菌体疗法需要为每一株临床分离菌找到能感染的噬菌体,而传统实验筛选费时费力。PhageHost-GNN把噬菌体受体结合蛋白与细菌K位点蛋白的序列、结构和基因组上下文嵌入放进图神经网络,并按查询菌株与训练集的相似度自动选择最合适的嵌入模型。在西班牙来源的Beamud2023数据上,宿主与噬菌体双双未见过时,路由模型的AUPRC为0.671,而固定嵌入模型不超过0.036。

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