Ngai Hei Ernest Ho

结构蛋白语言模型ESM3把蛋白当作真空中的分子，缺少溶剂信息，导致逐残基输出把氢键误判为失稳因素，且误差随溶剂可及表面积变化。HEIWA在ESM3残基嵌入上加入水—残基注意力，用可学习的水分子键向量和旋转角度项传递溶剂介导的力场信息。在热稳定蛋白分类代理任务上，加入HEIWA的模型分类指标与基线大体相当，但逐残基输出与RMSF基准和SASA的相关性改善，分子动力学温度爬升显示38个测试蛋白中23个更稳定。

结构蛋白语言模型ESM3把蛋白当作真空中的分子，缺少溶剂信息，导致逐残基输出把氢键误判为失稳因素，且误差随溶剂可及表面积变化。HEIWA在ESM3残基嵌入上加入水—残基注意力，用可学习的水分子键向量和旋转角度项传递溶剂介导的力场信息。在热稳定蛋白分类代理任务上，加入HEIWA的模型分类指标与基线大体相当，但逐残基输出与RMSF基准和SASA的相关性改善，分子动力学温度爬升显示38个测试蛋白中23个更稳定。