研究团队在1万株结核分枝杆菌复合群中重建IS6110插入动态,发现拷贝数从1到逾30、5%热点区域承载一半独立插入事件
该研究开发了一种无需参考基因组即可从短读序列中检测并比较插入序列的工具,对1万株结核分枝杆菌复合群(MTBC)菌株中的IS6110进行检测,结合基于存在-缺失模式的祖先状态重建,描述了MTBC中IS6110拷贝数的分布(从部分谱系的1个到La3(M. orygis)菌株的30个以上),推断其出生率随拷贝数近似线性上升且在末端分支上更高,并识别出大量平行插入的基因组区域,发现被靶向最频繁的5%区域贡献了一半的独立插入事件,靶位点与热点周围富集5'-TCTCAAAW-3'基序,据此提出一个生态位约束模型,认为IS6110在MTBC中的分布受制于兼具合适DNA性质与对宿主功能价值较低的区域之稀少。