单细胞三维基因组边界不再被稀疏数据淹没:跨细胞对齐后,边界强度分出RNA层面看不见的胚胎亚群
单细胞三维基因组数据极度稀疏,拓扑结构域边界难以稳定识别,跨细胞位置偏差又让边界出现频率和强度无法直接比较。CellRoB把单细胞边界检测与跨细胞对齐结合起来,以绝缘分数损失最小化对齐边界位置,在小鼠脑Dip-C和人GM12878 scMicro-C数据上从40 kb到5 kb分辨率改善了边界识别准确性与对接触丢失的稳健性。在小鼠胚胎多模态数据上,边界强度谱把RNA嵌入中未被分开的EPI细胞分成两个亚群。