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Xiaohui Xie

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  1. bioRxiv

    空间转录组不再只交换细胞级表示:SpaAxFormer保留每个基因的状态,DLPFC插补L1低于Impeller

    空间转录组模型通常只在细胞或斑点之间交换表示,基因信息随表达谱附带进入。SpaAxFormer把每个细胞–基因条目保留为独立状态,先在细胞内让基因互相参照,再按同一基因在空间邻居间交换信息,另设一个细胞级汇总表示。在六个DLPFC切片上,其基因表达插补的平均L1距离均低于Impeller,例如切片151510为0.239对0.254;在Stereo-seq与Slide-seq V2上,Impeller的平均L1与RMSE更低。

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