空间转录组不再只切一个尺度:低通滤波一次给出细胞、微环境和组织域三层视图
空间转录组分析长期在单一尺度上做聚类,细胞、邻近细胞群和组织区域往往只能分开处理。SpatialZoomer 用一组谱图低通滤波从同一份数据中同时提取单细胞、数十个细胞构成的微环境以及组织域三个尺度的空间分子特征,并通过切分跨尺度相似图自动定位关键尺度。在阿尔茨海默病模型和肿瘤微环境数据上,它分别识别出特定尺度上的疾病进展信号和依赖空间环境的细胞亚型,单尺度任务表现与现有方法相当或更好,且计算开销和硬件要求更低。
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空间转录组分析长期在单一尺度上做聚类,细胞、邻近细胞群和组织区域往往只能分开处理。SpatialZoomer 用一组谱图低通滤波从同一份数据中同时提取单细胞、数十个细胞构成的微环境以及组织域三个尺度的空间分子特征,并通过切分跨尺度相似图自动定位关键尺度。在阿尔茨海默病模型和肿瘤微环境数据上,它分别识别出特定尺度上的疾病进展信号和依赖空间环境的细胞亚型,单尺度任务表现与现有方法相当或更好,且计算开销和硬件要求更低。
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