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刘昊矗

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  1. arXiv

    细菌基因组热点不再只靠汇总统计量:神经后验估计同时估计重组与突变速率,并给出热点概率

    细菌基因组中重组与突变速率沿序列变化,两类信号重叠、克隆关系又构成混杂,以往方法常假设突变速率恒定或只依赖少量汇总统计量。这项研究用神经后验估计在固定克隆谱系条件下训练模拟器,对每个基因片段分别推断局部重组与突变速率,再用环形后验传播的高斯差分检测器把后验不确定性带入热点判定。模拟数据上推断值能回到真值,可信区间随基因长度增加而收窄;在蜡样芽孢杆菌群、金黄色葡萄球菌和大肠杆菌三套真实数据上分别给出了候选热点。

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