组织切片里的蛋白不必都靠抗体测：MorphoProt用RNA引导多尺度H&E，在三组织留出切片上超过SPRINT
核心概要
空间转录组测了RNA却常常没有配套蛋白测量，而蛋白丰度并不能由RNA完全反映。MorphoProt把每个位点的RNA表达当作查询，对五个尺度的H&E视野做交叉注意力，再经物理邻域与转录组邻域两路门控聚合，联合解码整套蛋白面板。在人扁桃体、小鼠脾和人肝的留出切片上，其平均逐蛋白Spearman相关分别为0.652、0.604和0.372，三种组织均高于仅RNA、图方法和HIPI、SPRINT等对照。
深度剖析
空间蛋白丰度现在可以直接从常规随空间转录组采集的H&E图像和RNA表达推断，覆盖整套蛋白面板，而不只限于抗体面板选定的少数蛋白。 此前的空间蛋白推断主要依赖转录组谱和空间邻接关系，或只用组织学切片预测蛋白；多模态的SPRINT虽结合组织学与空间转录组，但没有让每个位点的分子状态去决定读哪一尺度的形态信息。 在人扁桃体、小鼠脾和人肝的留出切片上，MorphoProt的平均逐蛋白Spearman相关为0.652、0.604和0.372，三种组织均为所比较方法中最高；相对匹配的仅RNA网络分别高出0.038、0.040和0.065，相对最强的多模态对照SPRINT分别高出0.018、0.068和0.018。
每个位点读哪一尺度的组织形态，由它自身的RNA状态决定，因此同一张切片里不同分子状态的区域可以侧重不同视野。 固定单一视野或对所有位点统一加权时，多尺度信息无法按位点分化；把五个视野直接拼接送入Transformer也不如RNA引导的交叉注意力。 在小鼠脾中，白髓位点把最大注意力放在最细视野（0.29，最粗为0.19），红髓位点则放在最粗视野（0.27，最细为0.13），四个随机种子顺序一致；去掉物理邻域图使Spearman相关下降0.010至0.014，降幅大于去掉转录组邻域图。
预测出的蛋白保留了由蛋白定义的组织域和生发中心结构，而不只是逐点数值接近。 仅看相关系数无法说明预测是否还原组织架构；此前的对照方法在同样聚类下与实测蛋白域的一致性更低。 对实测蛋白与预测蛋白分别做k均值聚类，MorphoProt在扁桃体k=5时调整兰德指数为0.703、脾为0.334，SPRINT为0.513和0.195，仅RNA为0.656和0.280；扁桃体预测蛋白域与实测域逐域标记谱相关0.95至0.98，86.8%的位点归入同一域。
启示与展望
评估限于人扁桃体、小鼠脾和人肝各一个留出切片划分，蛋白面板分别为29、21和31个，训练需要与空间转录组配对的蛋白测量参考切片。读者对象是做空间转录组与组织图像分析的研究者；跨供体、染色方案、平台和未见面板的泛化仍需独立验证。
扁桃体的组织学增益很小，验证选出的单视野模型与五视野模型持平（0.651对0.652），且该组织五个视野嵌入最相似；肝上相对SPRINT的配对区间包含零，两法在生发中心识别上表现相当；逐蛋白比较未做多重检验校正，置信区间也未涵盖独立供体或切片间的变异。