肿瘤克隆不只看基因突变:调控网络把优势克隆与普通克隆分开,253例12种癌复现
核心概要
肿瘤内部各克隆的基因调控网络能否从单细胞转录组中区分出来,此前克隆多按拷贝数划分、很少刻画其调控活动。研究者为每个克隆推断调控网络,用基于Wasserstein距离的调控分歧度比较克隆之间及克隆与正常细胞的差异。在253例、12种癌症的扩展队列中,克隆间网络比克隆与正常细胞更相似,且最大克隆偏离正常细胞的程度显著大于较小克隆。
深度剖析
肿瘤内部不同克隆的基因调控网络可以被区分开,而且克隆之间的网络比克隆与正常细胞之间的网络更相似。 此前肿瘤内部的异质性主要在基因组层面刻画,克隆多由体细胞突变或拷贝数谱定义,把克隆基因型连到转录状态的调控接线基本没有被系统比较。 在9例三阴性乳腺癌和6例结直肠癌数据集中,克隆间Jaccard相似度高于克隆与正常细胞,三阴性乳腺癌差异显著(p=0.038),结直肠癌为不显著趋势(p=0.089);在253例、12种癌症的扩展队列中,克隆间Jaccard相似度中位数约0.64,克隆与正常细胞约0.59(p=1.2×10⁻²³)。
