活细胞纳米镜不再被光漂白卡住:降光十倍、提速四倍,看清线粒体出芽
核心概要
两种深度学习方案把RESOLFT活细胞纳米镜的成像时长延长约五倍、帧率提高四倍,并在2赫兹下捕捉到80至200纳米的线粒体突起。
深度剖析
深度学习后处理让RESOLFT活细胞纳米镜在更低光照下继续工作,成像时长和帧率同时被推高。 此前RESOLFT的观测时长受可逆光开关荧光蛋白的光开关疲劳限制,帧率受扫描步数限制,二者都难以突破。 在固定细胞波形蛋白丝上,把每帧光照降到约十分之一后,监督式HDNsup把时间序列延长到约五倍;在稀疏采样下,Fast-MoNaLISA把帧率提高四倍。
降噪网络在低信噪比输入上恢复图像,同时保住纳米级空间分辨率。 无监督方法Noise2Void和SN2N会把分辨率拉低,监督方法CARE和UNet-RCAN则倾向于抹平细胞结构。 以半高全宽衡量,HDN与HDNsup分别给出56纳米和54纳米,接近高信噪比参考的58纳米,而SN2N为120纳米、N2V为93纳米、CARE为73纳米、UNet-RCAN为70纳米。
稀疏采样加时间上下文重建,让点扫描纳米镜用更少扫描步数换到更高帧率。 以往提升时间分辨率的方法多是在已有时间点之间插帧,或恢复多次曝光期间的动态,并不缩短单帧采集时间。 在波形蛋白丝、线粒体和HIV Gag颗粒上,采样率取50%时单帧重建最稳,加入5帧时间上下文后25%采样也能可靠重建。
提速后的成像在活细胞中记录到此前难以看清的线粒体囊泡动态。 常规MoNaLISA的体成像速率太慢,无法持续跟踪囊泡运动,也难以区分囊泡与线粒体尖端的二维截面。 在2赫兹二维成像下检测到持续1.5至4秒、长度80至200纳米的突起,这些突起在1赫兹和0.5赫兹下完全漏掉;三维体成像速率达到0.5至1赫兹。
启示与展望
这套方法面向活细胞RESOLFT纳米镜,尤其是并行化的MoNaLISA实现,在约35×35微米视场上实现二维约2赫兹、三维0.5至1赫兹的采集,横向分辨率约60纳米。作者同时发布了LISAI软件框架和训练示例,便于迁移到新数据集;稀疏采样重建被指出可直接用于每个重建像素对应确定扫描位置的扫描式成像,例如STED或转盘共聚焦。
降噪的可靠性取决于信噪比:对rsEGFP2标记结构,10%至20%的ON开关比例是较好折中,约5%会导致预测不准或丢失微弱结构。Fast-MoNaLISA的采样率需按样品信噪比和动态选择,单帧模式下50%最稳,动态采集时时间上下文让25%也可用。HDN潜空间中的多样性水平目前需按数据集手动调整,作者提出未来可将其作为显式超参数自动优化。
