对称蛋白复合物不必重训模型：ZeUS 零样本生成，单卡可做到上万残基
核心概要
对称蛋白复合物的生成此前要在整条组装体上做前向计算，高阶对称的时间与显存开销随组装体规模增长，而对称结构训练数据又稀少。ZeUS 把对称组装体的生成改写为在商空间中对单个规范亚基采样，用幻影子单元保留模型内部运算，无需重训即可把任意 SE(3) 等变骨架生成模型变成对称组装体生成器。在 FrameDiff、FoldFlow 与 RFdiffusion 上，其设计质量与全复合物推理相当，前向计算的时间和显存按对称群阶数下降，并在单张 A100 上生成超过 10000 残基的对称复合物。
深度剖析
对称蛋白复合物的生成现在可以只在一个规范亚基上完成，整条组装体由对称群作用展开得到，而不必让网络对全部残基做前向计算。 此前的对称骨架生成把设计当作全复合物生成，每个去噪步都对组装体所有残基做一次前向，再把指定亚基的更新按目标对称群传播到其余亚基。 在 FrameDiff、FoldFlow 和 RFdiffusion 上，ZeUS 与强制链置换等变的 RFdiffusion 全复合物消融相比，平均带符号 scRMSD 差仅约 0.01 埃，设计质量与对应消融模型相当。
做法是把对称组装体看成商空间里的一个点：一个 k 重对称组装体由单个代表亚基和群元素唯一确定，模型只需处理这个代表亚基。 商空间中的操作难以直接参数化，因此用幻影拷贝把每个商空间运算翻译回原始空间，即让规范亚基在计算中查询由群元素变换得到的副本。 该实现覆盖 IPA 类模型 FrameDiff、FoldFlow 与轴向注意力模型 RFdiffusion，在五类循环对称以及二面体、多面体对称上给出与全复合物推理分布相近的设计。
显存与运行时间的节省来自冗余的消除：等变模型在对称组装体上的内部表示被群作用重复了 k 次，只保留规范亚基即可。 全复合物前向的节点与边特征随组装体规模增长，轴向注意力的成对张量是显存占用最大的部分。 在固定显存预算下，ZeUS 可容纳的总残基数随对称群阶数增长，在 12 重对称下可生成约 12000 残基的复合物，而全复合物基线约为 1000 残基。
启示与展望
演示范围是骨架生成：在单张 NVIDIA A100-40GB 上，用 FrameDiff 生成 10000 残基的循环与二面体复合物、6000 残基的二十面体复合物和 4500 残基的螺旋复合物，并报告这些设计的埋藏表面积分布与天然 PDB 蛋白重叠。循环对称的设计质量以 ProteinMPNN 设计序列、ESMFold 回折的自洽性衡量；多面体对称因回折模型在大对称复合物上不可靠，只做分布层面的比较。
等价性依赖模型的 SE(3) 等变与链置换等变，RFdiffusion 的链间相对位置编码会破坏后者，使跨链块的等价变为近似；无限群如螺旋与晶格需按距离截断幻影拷贝。多面体对称的自洽性评估不可靠，无法区分设计本身不可设计还是回折模型失败；上万残基的设计仅为骨架，此规模下的可设计性评估不可行。