蛋白质设计现在可以针对同一序列的两个不同折叠态，而不只是单一静态结构。 此前计算设计主要产出单一稳定构象，少数动态设计依赖配体或离子等外部触发，且只涉及较小的结构重排。 从93个天然结构域出发，末端部分重画后经筛选保留58个折叠、2291对天然—替代构象；其中约30%的替代态设计被AlphaFold2以高置信度预测为按设计折叠，多数设计与原序列同一性超过50%。
两条互补的序列设计路线被用来寻找能同时兼容两个骨架的氨基酸序列。 一条路线把序列限制在两个目标态序列之间的空间内，另一条则完全不限制氨基酸身份，只依据两个目标骨架迭代优化。 嵌合路线在RFdiffusion生成的过渡轨迹上用ProteinMPNN做二元设计，全重设计路线用迭代ProteinMPNN在logits空间交换偏置直至收敛到单一序列；设计蛋白在大肠杆菌中表达，经SEC-MALS与圆二色谱确认折叠，并用NMR、MD和BioEmu检查构象行为。
构象平衡可以被少数几个突变定向移动，从而把难以观测的态稳定下来做结构解析。 设计出的变构序列本身构象异质、谱峰增宽，难以直接解析任一态的结构。 用AlphaFold3加BioEmu筛选出的突变体改善了HSQC谱的色散与峰数；H2H-chimeric替代态突变体的晶体结构与设计模型骨架RMSD为1.8 Å，B2H-full替代态突变体的NMR结构相对AF3模型为2.2 Å，B2H-full天然态突变体的晶体结构相对AF3模型为2.6 Å，稳定突变体的螺旋构象在MD中可维持到15 μs。
工作展示的范围是：从天然小结构域出发生成替代构象，设计能采样两个态的序列，并用态稳定突变把平衡推向任一态，从而获得晶体结构或NMR结构。适合关注蛋白质设计、构象动力学与NMR表征的研究者阅读。原文提出的下一步是控制两个态的相对自由能以调节布居，并控制两者之间的能垒以调节交换速率。
设计出的变构蛋白本身高度动态，NMR谱峰增宽、部分峰缺失，H2H-chimeric仅约50%残基可归属，B2H-full谱峰宽且异质；H2H-full的重设计片段以无序为主而非采样目标折叠态。BioEmu对B2H-full未给出两个清晰极小值，而是偏向替代态；结构预测工具并非为定量预测平衡布居而开发，其预测仍需实验验证。
